La diversità della fauna in Turchia è persino maggiore della sua flora. Mentre il numero di specie in tutta Europa è di circa 60.000, in Turchia ne contano oltre 80.000. Se si contano anche le sottospecie, questo numero sale a oltre centomila.
Come nel caso delle piante, l'Anatolia è la patria originaria di diverse specie. Ad esempio, il daino ora comune in Europa è stato introdotto dalla Turchia nel XVII secolo. Questa specie proviene dalle propaggini dei Monti del Tauro tra Antalya e Adana. Un altro esempio è il fagiano che proviene da Samsun sulla costa del Mar Nero in Turchia. Il nome scientifico di questo splendido uccello è Phasianus colchicus; "Phasianus" è l'antico nome del fiume Kizilirmak e "Colchicus" deriva da Colhia, un antico regno che si estendeva lungo la costa del Mar Nero fino al Caucaso. Possiamo anche chiamare l'Ibis calvo, noto come Kelaynak in turco, che è uno speciale uccello migratore a rischio di estinzione! La pecora domestica è una discendente della pecora selvatica, Ovis Musimon anatolica, che come indica il nome scientifico era originaria dell'Anatolia. Poche persone sanno che il leopardo dell'Anatolia è uno dei più grandi di questi graziosi felini, e che era la specie usata nei combattimenti dei gladiatori dai Romani, costruita come trappole per queste creature che possono ancora essere viste sparse nei Monti del Tauro, e sono conosciute localmente come trappole per tigri. In effetti, la tigre è un'altra creatura la cui patria originaria era l'Anatolia, un fatto poco noto che si riflette nel nome stesso tigre, che deriva dal nome latino Felis Tigris, o gatto del Tigri dal fiume Tigri. I leoni che sopravvivono solo nelle statue ittite di oggi erano un tempo un altro membro della fauna anatolica.
Gli uccelli hanno sfruttato la posizione strategica della Turchia come ponte che collega l'Europa all'Asia e all'Africa per migliaia di anni. Due delle quattro principali rotte migratorie nella regione biogeografica nota come l'anno, in primavera e in autunno. In primavera gli uccelli migratori volano verso nord dall'Africa all'Asia e all'Europa, e in autunno lasciano le loro zone di riproduzione per tornare di nuovo a sud verso l'Africa. Una di queste rotte migratorie conduce a sud da Hopa nel nord-est della Turchia lungo la valle del fiume Çoruh fino all'Anatolia orientale, passando per le province di Kahramanmaras e Antakya nella Turchia sud-orientale. La maggior parte degli uccelli che percorrono questa rotta attraverso la valle del fiume Çoruh sono rapaci e, con circa 250.000 esemplari, costituiscono il più grande gruppo migratorio di rapaci al mondo. Tuttavia, la migrazione più spettacolare al mondo è il volo delle cicogne lungo il Bosforo ad Istanbul in primavera e in autunno. Oltre un quarto di milione di cicogne volano tra le nuvole sopra la città nel giro di poche settimane. Alcune specie di uccelli rapaci migrano anche lungo il Bosforo, un corso d'acqua che non è solo una rotta migratoria per gli uccelli, ma anche per i pesci che si dirigono tra il Mar Nero e il Mar di Marmara. È questo fenomeno che determina catture insolitamente elevate, deliziando allo stesso modo i pescatori e i loro clienti.
Nonostante il fatto che la Turchia sia una terra antica, attraversata, sfruttata e ricercata da una serie di popoli per millenni, ci sono ancora molte aree che sono rimaste praticamente intatte, consentendo a molte specie rare di fauna selvatica che altrove sono diventate in pericolo o estinte di mantenere colonie vitali qui. Le coste turche dell'Egeo e del Mediterraneo offrono rifugio alle foche monache e alle tartarughe marine, mentre le zone umide ospitano colonie di numerose specie in via di estinzione, come il pellicano dalmata, il cormorano pigmeo e il chiurlo dal becco sottile, oltre a fenicotteri, anatre selvatiche e oche.
Sotto gli auspici del Ministero dell'Ambiente è in corso un programma per proiettare le ultime colonie sopravvissute di foca monaca lungo le coste mediterranee ed egee della Turchia, e inoltre è in corso un progetto internazionale nell'ambito delle convenzioni di Berna e Barcellona. A parte una piccola colonia di foca monaca sulle coste del Sahara Occidentale sull'Oceano Atlantico, le uniche colonie rimanenti di questa specie si trovano nel Mediterraneo orientale, essendo la specie stata spazzata via nelle aree occidentali. Il fatto che la specie sia sopravvissuta lungo le coste della Turchia è dovuto alla conservazione dell'ambiente naturale in molte aree e ai bassi livelli di inquinamento. Un'ulteriore prova che la conservazione ambientale lungo la costa della Turchia sta avendo successo è la continua esistenza di foreste di pini e lunghe spiagge incontaminate nonostante le estese costruzioni degli ultimi anni. Le foche si vedono in misura minore nel Marmara e nel Mar Nero, ma sono più comuni intorno a Foça, vicino a Smirne, sulla costa dell'Egeo, una città il cui nome deriva dall'antico termine fenicio che significa foca. Un comitato locale per le foche ha istituito una birreria in città, seguita da un'altra a Yalikavak vicino a Bodrum più a sud.
Il numero totale di foche monache nel mondo è compreso tra 300 e 400, cinquanta delle quali vivono nelle acque turche.
Altre specie in via di estinzione includono le tartarughe che depongono le uova nelle lunghe spiagge sabbiose del Mediterraneo. Due specie si riproducono in Turchia, dove gli sforzi per proteggerle hanno avuto un enorme successo. Un progetto di sviluppo turistico a Köycegiz è stato abbandonato per preservare le aree di riproduzione della Caretta Caretta, e il lago e le paludi di Köycegiz sono stati dichiarati Area Specialmente Protetta. Queste misure sono state accolte con una grande gioia dal Comitato permanente della Convenzione di Berna del Consiglio d'Europa nel 1989, e citate come esempio da seguire per altri paesi. Sono stati avviati studi sulle tartarughe lungo tutte le coste della Turchia, e diciassette spiagge sabbiose di primaria importanza come aree di riproduzione per le tartarughe sono tenute sotto costante osservazione dal Comitato per la salvaguardia delle tartarughe. L'Autorità per le aree Specialmente Protette del Ministero dell'Ambiente è responsabile della protezione dell'area di Belek, e il Ministero delle Foreste è responsabile delle zone umide di Yumurtalik e Akyatan.