Mehmed III nacque il 26 maggio 1566 nella provincia di Manisa. Suo padre era Murad III e sua madre era Safiye Sultan, di origine albanese. Fu il tredicesimo sultano dell'Impero ottomano. Il suo regno durò 8 anni e fu uno dei sultani del periodo di stallo dell'Impero. Mehmed III fu un sovrano ozioso, sua madre Safiye Sultan ebbe una grande influenza su di lui. Fu un sultano tranquillo, calmo, estremamente religioso. Come la maggior parte dei sultani, anche lui fu un poeta.
Durante la sua giovinezza ha servito come sovrano di Saruhan per 12 anni come principe ereditario. Quando suo padre, Murad III, morì nel gennaio 1595, venne nel palazzo di Istanbul. Salendo al trono si praticò il fratricidio; Diciannove principi, quattro dei quali in giovane età e gli altri da neonati o bambini piccoli, furono strangolati a morte. Questa era una pratica comune in quei secoli.
Mehmed III riportò un rigoroso ordine al tesoro e tagliò le spese. Durante il suo tempo, ci furono conflitti tra i visir nel palazzo, disordini tra i giannizzeri e le rivolte Jelali scoppiarono in Anatolia tra il 1600 e il 1601.
L'evento principale del suo regno fu la lunga guerra austro-ottomana in Ungheria tra il 1593 e il 1606. Spedizioni in Austria e Valacchia, conquista della fortezza ungherese di Egri (Eger), conquista della fortezza di Kanije, battaglia di Keresztes (Haçova in turco) furono alcune di queste. Anche se alcune guerre erano vinte, durante il suo regno in generale era persa molta terra. Lui diede importanza alle relazioni diplomatiche con l'Inghilterra e la Francia. La regina Elisabetta I inviò doni alla corte ottomana.
Mehmed III morì il 20/21 dicembre 1603 all'età di 38 anni. La sua tomba oggi si trova nel cortile della Moschea di Santa Sofia. Dopo la sua morte, suo figlio Ahmed I salì al trono.