San Giovanni Evangelista era figlio di Zebedeo e il nome di sua madre era Salomè. Vivevano sulle rive del mare di Galilea. Il fratello di San Giovanni, probabilmente considerevolmente più anziano, era San Giacomo. San Giovanni e Giacomo seguirono Giovanni Battista quando predicò il pentimento nel deserto del Giordano. A quanto pare, Giovanni seguì il suo nuovo Maestro in Galilea e fu con lui alle nozze di Cana, viaggiò con lui fino a Cafarnao e da allora in poi non lo lasciò mai, se non quando fu inviato in missione con un altro, investito del potere di guarire. Lui, Giacomo e Pietro entrarono a far parte della cerchia più intima degli amici del loro Signore, e a questi tre fu concesso di rimanere con Cristo mentre tutti gli altri apostoli erano tenuti a distanza.
Pietro, Giacomo e Giovanni erano con Cristo nell'Orto del Getsemani. La madre di Giacomo e Giovanni, conoscendo l'amore del Signore per i fratelli, fece una richiesta speciale per loro. A Giovanni fu affidato dal Signore il più alto dei privilegi: la cura di sua madre. Giovanni - il discepolo che Gesù amava - e Pietro furono i primi a ricevere dalla Maddalena la notizia della Resurrezione. Nell'intervallo tra la Resurrezione e l'Ascensione, Giovanni e Pietro erano insieme sul Mar di Galilea.
Quando Cristo apparve sulla riva al crepuscolo del mattino, Giovanni fu il primo a riconoscerlo. Le ultime parole del Vangelo rivelano il legame che esisteva tra i due apostoli. Non era sufficiente per Pietro conoscere il proprio destino, doveva anche apprendere qualcosa del futuro che attendeva il suo amico. Gli Atti ce li mostrano ancora uniti, mentre entrano insieme come fedeli nel Tempio [Atti 3:1] e protestano insieme contro le minacce del Sinedrio [Atti 4:13]. Erano collaboratori nel primo passo dell'espansione della Chiesa.
San Giovanni Evangelista probabilmente rimase a Gerusalemme fino alla morte della Vergine, sebbene una tradizione non particolarmente antica o affermi che la portò con sé ad Efeso. Non è certo quando andò a Efeso. Era a Gerusalemme quindici anni dopo la prima visita di San Paolo [Atti 15:6]. Non c'è traccia della sua presenza lì quando San Paolo fu a Gerusalemme per l'ultima volta.
La tradizione, più o meno attendibile, completa la storia. Ireneo afferma che San Giovanni non si stabilì ad Efeso se non dopo la morte di San Pietro e San Paolo, e questo è probabile. Certamente non era lì quando San Timoteo fu nominato vescovo di quel luogo. San Girolamo afferma che sovrintendeva e governava tutte le Chiese dell'Asia. Probabilmente si stabilì definitivamente ad Efeso nel 97. Durante la persecuzione di Domiziano fu portato a Roma e posto in un calderone di olio bollente, senza che il liquido bollente gli procurasse alcun danno. Fu mandato a lavorare nelle miniere all'isola di Patmo. Con l'ascesa al trono di Nerva fu liberato e tornò a Efeso, dove si pensa che abbia scritto il suo Vangelo.
In vecchiaia fu portato nell'assemblea della Chiesa di Efeso, e la sua unica esortazione fu: "Figlioli, amatevi gli uni gli altri". Portò anche la Maria Vergine sul monte Panaghia Kapulu (Bülbül Dag in turco, Monte dell'Usignolo) per proteggerla dalle persecuzioni. La data del suo morte non può essere fissata con precisione, ma è certo che visse fino a un'età molto avanzata, forse quasi a 100 anni. Il suo simbolo è un'aquila. È uno dei santi più importanti del mondo cristiano.
Dopo la sua morte, fu sepolto nei pressi di Efeso. Nel IV secolo, i Bizantini costruirono una piccola chiesa sulla sua tomba e infine, nel VI secolo, Giustiniano I costruì una cattedrale, che fu distrutta dalle incursioni arabe tra il VII e l'VIII secolo. Oggi la sua tomba è riconosciuta come santuario dal Vaticano e si trova a Selcuk, vicino a Smirne, nella regione dell'Egeo della Turchia. La tompa è uno dei tanti siti religiosi nell'Anatolia occidentale.