Mustafa IV nacque nel 1779. Suo padre fu Abdulhamid I e sua madre Ayse Sineperver Sultan. Il suo regno come 29° sultano ottomano durò solo 14 mesi.
Gli accordi e in particolare le innovazioni apportate in campo militare da Selim III, figlio di suo zio Mustafa III che salì al trono dopo la morte del padre, non ebbero successo a causa dell'opposizione dei giannizzeri e degli ulema (chierici religiosi). Selim fu detronizzato a seguito di una rivolta organizzata e Mustafa IV divenne sultano il 29 maggio 1807.
Sebbene i giannizzeri avessero promesso che non avrebbero più interferito con gli affari di stato e che avrebbero obbedito agli ordini, non fu possibile impedire loro di interferire e fare ciò che volevano con la forza. Così, il regno di Mustafa IV divenne presto teatro di grande caos, insicurezza e disintegrazione nella struttura dello stato.
In quel periodo, la guerra russa iniziata nel 1806 era in corso, ma le cose non andavano bene sul fronte a causa dei disordini all'interno dell'esercito. Durante questi tumulti, i ribelli si diressero al palazzo per riportare Selim sul trono. A quel punto, Mustafa chiuse i cancelli del palazzo e ordinò l'uccisione di suo zio e fratello Mahmud II. Selim III era ucciso, però Mahmud sopravvisse nonostante le ferite e fu intronizzato il 28 luglio 1808 come ultimo membro maschio sopravvissuto della dinastia, in sostituzione di Mustafa IV. Mustafa fu imprigionato nel suo appartamento nel palazzo, poi fu strangolato a morte per ordine di suo fratello (17 novembre 1808). Il suo corpo fu sepolto nella tomba di suo padre Abdulhamid a Bahcekapi, Istanbul.