Il sultano Mustafa II nacque a Edirne nel 1664. Suo padre fu il sultano Mehmed IV e sua madre fu Emetullah Rabia Gulnus Sultan.
Dopo la morte del sultano Ahmed II nel 1695, Mustafa salì al trono all'età di 31 anni come il più anziano della dinastia. Lui diede importanza agli affari di stato. Durante gli anni in cui salì al trono, le guerre multinazionali iniziate con l'assedio di Vienna nel 1683 continuarono a pieno ritmo su vari fronti. Guidò personalmente l'esercito e iniziò a condurre campagne contro Belgrado e l'Austria; fu l'ultimo tra i sultani ottomani a partire per la guerra. Nelle ultime campagne, l'esercito ottomano fu sconfitto dagli austriaci e l'Impero subì perdite territoriali. Il trattato di Karlowitz fu firmato nel 1699. L'Ungheria e la Transilvania, che erano state sotto il dominio ottomano dal 1526, furono date all'Austria, mentre Azov fu data ai Russi, il Peloponneso a Venezia e la Podolia alla Polonia.
Queste guerre su più fronti condotte sui fronti polacco, veneziano e russo scossero la struttura sociale ed economica dell'Impero ottomano. Nuove tasse furono imposte per le crescenti spese della campagna e gli importi di quelle esistenti furono aumentati. Dopo un po', emersero gravi malcontenti e ribellioni contro Mustafa II sia tra i soldati, sia tra il popolo e gli Ulema (chierici islamici). Quindi, Mustafa II lasciò il trono al fratello Ahmed III nel 1703. Mustafa morì a Edirne circa cinque mesi dopo la sua detronizzazione. Il suo corpo fu portato a Istanbul e sepolto di fianco al padre nel mausoleo Valide Turhan Sultan vicino alla moschea Yenicami.
Mustafa II praticava la calligrafia, era interessato alla musica, ed era abile soprattutto nel tiro con l'arco e nel giavellotto.