L'Impero mongolo, in espansione verso ovest sotto Ogedai Khan e poi Batu Khan, vedeva nell'Anatolia un ricco obiettivo. Il Sultanato selgiuchide di Rum, nonostante la sua fioritura culturale sotto sovrani come Kayqubad I, si stava indebolendo internamente in quel periodo. Un esercito mongolo, guidato da Baiju Noyan, sconfisse definitivamente l'esercito selgiuchide del sultano Kaykhusraw II nella battaglia di Kose Dag nel 1243. Questa battaglia segnò una svolta. I Selgiuchidi furono costretti a pagare enormi quantità di tributi (tasse) in oro, argento, seta, animali e altri beni ai loro signori mongoli. Ciò paralizzò l'economia anatolica. Governatori e guarnigioni mongole erano di stanza in Anatolia, garantendo il rispetto delle leggi e l'estrazione delle risorse. Erano loro a detenere il vero potere, dietro l'indebolito trono selgiuchide.
La presenza dei Mongoli in Anatolia rimodellò radicalmente il panorama politico e sociale della regione. La pressione mongola più a est spinse altre tribù turkmene verso ovest, in Anatolia. I Mongoli interferirono pesantemente nelle dispute di successione selgiuchide. Spesso nominavano, deponevano e persino giustiziavano sultani in base alla loro lealtà e alla loro capacità di pagare tributi. Ciò portò a frequenti guerre civili tra i principi selgiuchidi che si contendevano il trono con il sostegno mongolo.
L'invasione mongola pose fine all'età d'oro del Sultanato selgiuchide di Rum, trasformandolo in uno stato vassallo, in particolare sotto l'autorità dell'Ilkhanato (la divisione mongola con sede in Persia) dopo la frammentazione dell'impero. Pur essendo devastante nel breve termine a causa dello sfruttamento economico e dell'instabilità politica, la dominazione mongola creò inavvertitamente le condizioni per l'ascesa dei Beilicati anatolici (stati feudali), frantumando l'autorità centrale.
La pressione mongola e la debolezza interna dei selgiuchidi permisero ai capi tribù turkmeni locali (Bey) sulle frontiere (in particolare sulla frontiera occidentale di fronte a Bisanzio) di affermare una crescente autonomia. Questi principati autonomi sono noti come Beilicati anatolici. Con il declino dell'influenza mongola in Anatolia, l'Ilkhanato stesso iniziò a indebolirsi a causa di conflitti interni e problemi di successione all'inizio del XIV secolo, collassando di fatto intorno al 1335. I beilicati anatolici colsero questa opportunità per ottenere la piena indipendenza. Combatterono tra loro e contro i resti del potere bizantino. Uno di questi beilicati, fondato nell'Anatolia nordoccidentale da Osman I, era il beilicato ottomano, che sarebbe poi cresciuto fino a conquistare gli altri e fondare l'Impero Ottomano nel 1299.