Mahmud II nacque nel 1785. Suo padre fu Abdulhamid I e sua madre fu Naksidil Sultan. Salì al trono come 30° sultano ottomano il 28 luglio 1808, dopo che suo fratello maggiore Mustafa IV fu detronizzato in una ribellione. Durante il suo regno, dovette affrontare le ribellioni dei giannizzeri, gli amministratori tirannici che indebolirono l'amministrazione centrale, le rivolte nazionaliste serbe e greche, le guerre con Iran e Russia e, in particolar modo, la ribellione del governatore egiziano Mehmed Ali Pascià e la sua occupazione dell'Anatolia. Concluse la guerra con Inghilterra e Russia firmando trattati di pace, ma l'Impero subì perdite territoriali. I francesi invasero l'Algeria nel 1830. I movimenti nazionalisti contro gli ottomani guadagnarono slancio nei Balcani.
Durante tutti questi eventi, fu un sultano che fece riforme vitali per quanto riguarda la ristrutturazione dello Stato e svolse un ruolo nel gettare le basi dell'editto Tanzimat. Portò avanti riforme radicali come l'abolizione del corpo dei giannizzeri. Ciò portò agli eventi noti come Vaka-i Hayriye nel 1826, che portarono alla distruzione del Corpo dei giannizzeri tramite cannonate e all'esecuzione dei sopravvissuti il 16-17 giugno. Modernizzò l'esercito e istituì nuove unità militari.
Sostenne l'apertura di scuole che fornivano un'istruzione in stile occidentale. Svolse un ruolo importante nel portare la musica e la cultura occidentale nell'Impero ottomano. Fu previsto un codice di abbigliamento in stile europeo con giacche e pantaloni per il personale dell'amministrazione pubblica e gli abiti tradizionali furono abbandonati accettando l'uso del fez. Poiché le guerre moderne non potevano essere combattute con i vecchi abiti tradizionali, vennero cucite nuove uniformi per i soldati. Fu anche deciso che la tromba e il corno sarebbero stati usati nell'esercito e che la banda dei Mehter (giannizzeri) sarebbe stata sciolta. Il sultano fece appendere le sue foto negli uffici governativi del paese e nelle ambasciate all'estero.
Mahmud II vedeva come una necessità vitale che tutte le persone, indipendentemente dal fatto che fossero musulmani o non musulmani, fossero abbracciate dallo Stato. Fece riparare moschee e logge e permise la riparazione di molte chiese cristiane. Si assicurò che gli armeni cattolici fossero ufficialmente riconosciuti come comunità indipendente nel 1830 e che fossero costruite nuove chiese per loro. Era anche interessato alla musica e all'arte della calligrafia.
Il sultano Mahmud II morì il 28 giugno 1839 a causa del peggioramento della sua malattia e fu sepolto nel suo mausoleo a Sultanahmet, a Istanbul. Il suo figlio maggiore Abdulmecid salì al trono.