Nel giugno del 325 il Concilio si aprì a Nicea e continuò per due mesi, alla presenza dell'imperatore Costantino. Il Concilio affrontò innanzitutto questioni dottrinali, come mostra in particolare la "Dichiarazione dei 318 Padri", e più precisamente il credo che professa Gesù Cristo come Figlio di Dio, "consustanziale al Padre".
I vescovi modificarono un credo esistente per adattarlo ai loro scopi. Il credo, con alcune modifiche apportate in un successivo concilio del IV secolo, è ancora oggi recitato in molte chiese. Il Credo niceno, come venne poi chiamato, si preoccupa attentamente, attraverso diverse ridondanze, di identificare il Figlio con il Padre piuttosto che con la creazione:
Noi crediamo in un solo Dio, Padre Onnipotente, creatore di tutte le cose visibili e invisibili; e in un solo Signore Gesù Cristo, Figlio di Dio, unigenito del Padre, della sostanza del Padre, Dio da Dio, Luce da Luce, Dio vero da Dio vero, generato, non creato, della stessa sostanza del Padre. Per mezzo del quale tutte le cose sono state create... Il quale... si è incarnato e si è fatto uomo...
Alcuni dei vescovi presenti al concilio erano a disagio con la definizione conciliare del Figlio. Ma l'imperatore, in una lettera inviata ai vescovi assenti a Nicea, richiese loro di accettare "questa ingiunzione veramente divina". Solo due vescovi, insieme al teologo alessandrino Ario, si rifiutarono di firmare il Credo. Costantino li bandì dall'Impero, mentre gli altri vescovi continuarono a celebrare la loro unità con una grande festa nel palazzo imperiale.
Il Credo è molto più di un'affermazione della divinità di Gesù. È anche un'affermazione della nostra separazione da Dio e da Cristo. Ci vuole grande sforzo per descrivere Gesù Cristo come Dio per negare che faccia parte della creazione di Dio. Egli è "generato, non fatto", quindi totalmente separato da noi, gli esseri creati. La descrizione di Gesù nel Credo niceno ci dice "che il Figlio di Dio non ha alcuna somiglianza con le ... creature".
Nicea, tuttavia, segnò l'inizio della fine dei concetti di preesistenza, reincarnazione e salvezza attraverso l'unione con Dio nella dottrina cristiana. Ci vollero altri duecento anni perché queste idee venissero cancellate.
Un altro Concilio ecumenico si tenne a Nicea nel 787, noto come Settimo Concilio ecumenico.
Il 27 novembre 2025, Papa Leone XIV ha visitato Iznik e ha pregato insieme ad altri patriarchi e al clero per celebrare 1700° anniversario del Primo Concilio della storia della Chiesa ivi tenutosi.