Durante l'estate e l'autunno del 1919, con l'autorizzazione del Consiglio Supremo di Guerra Alleato, i greci occuparono Adrianopoli (Edirne), Bursa e Smirne (Izmir), dove fu effettuato uno sbarco sotto la copertura di una flottiglia alleata che includeva navi da guerra degli Stati Uniti. Non fu offerta alcuna opposizione turca ed i greci si erano presto spostati fino a Usak, a 175 chilometri nell'entroterra da Izmir.
L'azione militare tra turchi e greci in Anatolia nel 1920 fu inconcludente, ma la causa nazionalista fu rafforzata l'anno successivo da una serie di brillanti vittorie. Due volte (a gennaio e di nuovo ad aprile) Ismet Pascià sconfisse l'esercito greco nella zona di odierna Inönü, bloccandone l'avanzata nell'interno dell'Anatolia. A luglio, di fronte a una terza offensiva, le forze turche si ritirarono in buon ordine sul fiume Sakarya, a 80 chilometri da Ankara, dove Atatürk prese il comando personale e sconfisse definitivamente i greci in una battaglia di venti giorni.
Un miglioramento della situazione diplomatica della Turchia accompagnò il successo militare. Colpiti dalla vitalità delle forze nazionaliste, sia la Francia che l'Italia si erano ritirate dall'Anatolia nell'ottobre del 1921. Quell'anno furono firmati trattati con l'Unione Sovietica, la prima potenza europea a riconoscere i nazionalisti, stabilendo il confine tra i due paesi. Nel 1919 scoppiò una guerra tra i nazionalisti turchi e la repubblica armena appena proclamata. La resistenza armena fu spezzata nell'estate del 1921 e la regione di Kars fu occupata dai turchi. Nel 1922 i nazionalisti riconobbero l'assorbimento sovietico di ciò che restava dello Stato armeno e la minoranza armena in Turchia tornò in Armenia.
La battaglia finale contro i Greci iniziò nell'agosto 1922 con una battaglia chiamata Battaglia del Capo Comandante. A settembre i turchi si trasferirono ad Izmir, dove migliaia furono morti durante i combattimenti e la cattura della città. I soldati greci che si erano accalcati a Izmir, furono portati via dalle navi alleate, lasciando la città in fiamme prima che si ritirassero per non lasciare nulla dietro.
L'esercito nazionalista si concentrò quindi sulla guida delle forze greche rimanenti fuori dalla Tracia orientale, ma la nuova campagna minacciò di mettere i turchi in un confronto diretto con i contingenti alleati che difendevano l'accesso agli stretti (Bosforo e Dardanelli) e a Costantinopoli (Istanbul moderna), dove era protetto il governo ottomano. Le forze francesi si ritirarono dalle loro posizioni sullo stretto, ma gli inglesi sembravano pronti a tenere la loro posizione contro i nazionalisti turchi in avanzata. Una crisi fu evitata quando Atatürk accettò una tregua proposta dai britannici che pose fine ai combattimenti nella regione tra turchi e greci e segnalò anche che gli alleati non erano disposti ad intervenire dalla parte della Grecia. In ottemperanza all'armistizio di Mudanya (vicino a Bursa), concluso in ottobre, le truppe greche si ritirarono oltre il fiume Maritsa, consentendo ai nazionalisti turchi di occupare il territorio fino a quella linea. L'armistizio accettò una continua presenza alleata nello stretto e ad Istanbul fino a quando non è stato possibile raggiungere un accordo globale.
Alla fine di ottobre 1922, gli alleati invitarono i governi di Ankara e Istanbul a una conferenza a Losanna, ma Atatürk era deciso che il governo nazionalista dovesse essere l'unico portavoce della Turchia. L'azione degli Alleati provocò una risoluzione della Grande Assemblea Nazionale nel novembre 1922 che separò gli uffici del sultano e del califfo e abolì i primi. L'assemblea inoltre affermò che il governo di Istanbul aveva cessato di essere il governo della Turchia quando gli alleati si erano impadroniti della capitale. In sostanza, l'assemblea aveva abolito l'Impero Ottomano. Mehmed VI andò in esilio a Malta e suo cugino, Abdülmecid, fu chiamato califfo.
La Turchia è stata l'unica potenza sconfitta nella prima guerra mondiale a negoziare con gli alleati da pari a pari e ad influenzare le disposizioni del trattato di pace. Ismet Pascià era il capo negoziatore turco alla Conferenza di Losanna che si aprì nel novembre 1922. Il Patto Nazionale del 1919 fu la base della posizione negoziale turca e le sue disposizioni furono riconosciute nel trattato concluso dalla Turchia nel luglio 1923 con le potenze alleate. Gli Stati Uniti hanno partecipato alla conferenza ma, non essendo mai stata in guerra con la Turchia, non hanno firmato il trattato.
Il Trattato di Losanna ha riconosciuto l'attuale territorio della Turchia con due eccezioni: l'area di Mossul e la provincia di Hatay, che comprendeva il porto di Alexandretta (l'attuale Iskenderun). Il confine con l'Iraq fu stabilito da un'iniziativa della Società delle Nazioni nel 1926 e Iskenderun fu ceduta alla Turchia nel 1939 dalla Francia in qualità di potenza mandataria della Società delle Nazioni per la Siria. Disposizioni dettagliate del trattato regolavano l'uso degli Stretti. Poteri generali di supervisione furono conferiti alla Commissione degli Stretti sotto la Società delle Nazioni, e l'area degli Stretti doveva essere smilitarizzata dopo il completamento del ritiro alleato. La Turchia doveva detenere la presidenza della commissione, che includeva l'Unione Sovietica tra i suoi membri.
Le capitolazioni e l'amministrazione estera del debito pubblico ottomano, che violava la sovranità della Turchia, furono abolite. La Turchia, tuttavia, ha assunto il 40% del debito ottomano, il resto è stato ripartito tra altri ex territori ottomani. Alla Turchia fu inoltre richiesto di mantenere tariffe basse sulle importazioni dai poteri firmatari fino al 1929. Il Trattato di Losanna riaffermò l'uguaglianza dei cittadini turchi musulmani e non musulmani. La Turchia e la Grecia hanno concordato uno scambio obbligatorio delle rispettive minoranze greche e turche con l'eccezione di alcuni greci ad Istanbul e turchi nella Tracia occidentale.
Il 29 ottobre 1923, la Grande Assemblea Nazionale proclamò la Repubblica della Turchia. Atatürk è stato nominato come presidente e Ankara come capitale. La Guerra d'Indipendenza, iniziata il 19 maggio 1919 con l'arrivo di Ataturk a Samsun, si concluse con la vittoria e nacque il moderno stato della Turchia.